第三關：特里爾，德國 (Trier, Germany)
降落到特里爾后收到Sid的通訊，他讓你到九世界旅館去找宗教領袖Tracer Tong。調查廣場的椅子有一張數據卡，閱讀后拿到市區地圖。廣場旁邊是警局總部(SSC)，由右邊的胡同穿過去找到QueeQueg咖啡館，與里面的老板交談，他讓你前往警局調查為何他與Pequod咖啡館的訴訟案子會被拖延。在咖啡館里還有一名黑市商人，與之交談得知九世界旅店上面有家古董店，在里面可找到神秘的黑市商人，從他手里拿到古董店的通行密碼。
離開咖啡館在一側的胡同找到一臺ATM機，利用黑客技術可盜取600塊，地上還有個井蓋，里面的下水道通往黑門廢墟先不用進去。沿胡同前行找到九世界旅館，右邊的墻上有一道梯子通往屋頂的停機坪。進入旅館上樓梯用密碼開門進去找到Omar商人，從他們手上可買到生物藥劑。到樓下的旅店往左邊的圓桌聽取兩個客人的談話，得到調查武器店(Nur Gewehre)的任務。
由旅館的大廳往右邊走有間會議室，與Tracer Tong對話得到前往黑門實驗室(Black Gate Lab)救援教皇的任務，在要離開時收到Dumier發來的訊息，要你前往警局會面。出旅館往右走是一間武器配件商店，有玻璃靜音器的配件可裝到武器上，悄悄打碎玻璃進去拿裝備。由廣場進入警局，前往證物室(Evidence)門前先用電腦解除掉里面的監視器，然后用電弧刀開鎖進去，移動箱子跳上去從架子上拿到生物藥劑，讀取數據卡完成咖啡店老板所委托的調查任務。上樓梯到看望室與里面的Dumier談話得到黑門實驗室的密碼，然后離開警局往咖啡館覆命拿報酬。
由咖啡館旁邊胡同的水道前往黑門廢墟，由梯子爬上去可看到一些巡邏的警衛，殺掉他們再利用障礙避開那只巨大機器人的炮火，往廢墟建筑的左側小巷找到一名幫手，然后一起由左側的門進去，上樓梯沿著走廊前行找到一道石門，進去乘電梯到達實驗室的走廊，往左邊的門進去用電腦解除掉槍塔，或者控制槍塔干掉走廊上的守衛，由房間的風道爬到走廊的另一端找到一間辦公室，在里面的柜子里有三個生物藥劑，由桌上的數據卡找到控制室和實驗室的密碼。
沿走廊找到三道黃色激光線，用電弧刀解除掉往前面的屋子找Nicolette談話，不但打聽到教皇的消息還確認了Saman叛變的事。這時由水道返回到特里爾的警局找Dumier談話，得到教會領地的地圖，到咖啡館找飛行員前往教會領地。
來到教會的領地與NPC談話，得知有密道潛往領地內部。沿胡同前行找到一名叫Billy的小孩，可花錢買到一份武士分布的地圖。到小巷盡頭跳到垃圾箱上，往左邊的平臺躍上去，往前發現下面的庭院有守衛和機器人，將他們解決掉跳落庭院找水道下去。
由地下通道殺過去，往右邊有激光防護，解除掉往前殺掉警衛找升降梯上去，離開房間殺掉沿途的警衛，往前炸毀火箭炮塔，接下來尋找Saman的電腦終端搜尋黑門實驗室里的傳送裝置的數據模塊。由大廳往前走有黃色的激光防護，由右側的門上樓梯到陽臺，從箱子上拿到辦公室的密碼，返回大廳進辦公室從桌上的數據卡得到電腦的開機密碼，然后使用電腦下載數據模塊。完成后返回到降落點與Klara Sparks交談，乘坐飛機返回到特里爾。
回到城區到旅館找Tracer Tong詢問有關JC Denton的信息，然后由地下水道前往黑門廢墟實驗室，在途中會發現SSC警察正與教會的武士對戰，在實驗室里收到Dumier的提示，得知要恢復傳送站的功能，要找到并啟動備用的發電機組。這時前往控制室將找到的數據模塊安裝到控制電腦里，再沿走廊找到前往維護室的梯子，爬進去將壞掉的發電機切斷電源并啟動另一臺備用的，然后跑到控制室操作控制電腦啟動傳送站，從窗戶可看到外面顯現的奇觀，退回走廊進入傳送站前往JC Denton在南極州的基地。
第四關：南極州
(Antarctica)
大雪飄飛的南極州，不僅有企鵝棲居在這里，還有灰色人種(Gray)在這里活動。由傳送點出來是一座山洞，與旁邊的灰色人首領對話得知他們的伙伴被人類的教會武士捕捉去了。離開山洞往前到一座山坳，正中央是一間簡易房，附近有機器人和武士在巡邏看守，利用石頭的障礙潛行過去，在旁邊的籠子解救出被囚禁的灰色人，然后按照Billie Adams的提示潛入到簡易房里，操作里面的電腦將外面巡邏的機器人解除，從桌子上的數據卡拿到密碼，利用通訊儀與Billie Adam談話。
離開簡易房進入寫有“Site X”字樣的洞穴，穿過去一路殺下斜坡，沿途有大量的重甲武士和槍塔阻擊，前方就是JC Denton的避難所，閱讀入口處的數據卡，操作前面的控制電腦的數據模塊進入建筑的內部。
要啟動JC Denton超級電腦的太陽神智能系統(Helios AI)，需要啟動五個數據模塊才行，每開啟一個會發生空間轉移。在打大廳找到通訊儀與Ava談話，然后啟動大廳中央控制電腦的數據模塊來到一個房間，與面前的灰色人對話，書架上有龍牙劍可拿，然后上樓梯找到第二個數據模塊傳送到一間辦公室，在里面啟動第三個數據模塊傳送到會議室，穿過衛生間找到第四個模塊傳送到工廠內部，這時會遇到Billie Adams，這時可選擇殺不殺她，如果不殺的話在最后的關卡她還會出現，處理完她到前面找到第五個數據模塊返回到先前的大廳之中。
與全息成像通訊儀里的JC Denton通話，然后離開這里回到外面的山谷，這里的敵人會重新布署，激戰之后退回到最初的雪谷，收到Saman的通訊約定在4號簡易房通話，結果進入簡易房后受到了大批敵人的包圍，才知道是被他算計了，殺出重圍進入標志著“Abandoned Base”的廢棄基地，接下來要做的是利用這里的機場返回到埃及開羅。
根據Tracer Tong的提示點亮燈塔須啟動基地下層的發電機，在一排廠房前面的平臺上是控制燈塔的控帽臺，沒有接能電源現在還不能操作，進入旁邊的屋子找到電腦，用它可解除掉外面的炮塔。左右兩邊的廠房分別標有A、B字樣，在A區的廠房里可找到火焰噴射器，數據卡里存有兩張基地的地圖，上層的辦公室和寢室可以找到很多的補給裝備。繞到廠房的后面在墻上找到一條風道，由此可潛入B區廠房，找到樓梯下去到基地的底層，在樓梯根部的右側有風道可潛入牢房區域，在里面有名囚犯不用理會，如果放他出來會受到攻擊。沿牢房通道找到電力供配室，啟動發電機的開關恢復電力供應，這時按原路回到外面的平臺，操作平臺上的控制開關點亮燈塔，然后由B區廠房的二樓臺球室出去到停機坪，乘飛機返回到埃及開羅。