游戲的劇情方面可以說是沿襲了前作，并且與電影版的情節也有關聯。而與同名電影相比，它也有一些不同的東西，這包括增加了一些獨立的故事情節，比如來自漫畫中的一些新的惡勢力。即使沒有玩過一代的玩家，只要看過電影，也能很清楚地了解大部分游戲角色。
《蜘蛛俠2》的故事劇情將以基于任務的章節體結構加以描述。本作最大的變更就是自由度非常之高。前作主要采用線性任務結構，而本作則采用開放式結構，游戲中的任務結構相當獨特，整個城市中到處都是任務觸發點。
《蜘蛛俠2》的游戲地圖地域跨度相當大。蜘蛛俠可以在廣闊的空間里大展身手，眾多紐約標志性的建筑都將一一呈現，像是自由女神像、白宮總統府等等。不過更多的時候，蜘蛛俠是在高空俯視地面上流動的車輛和人群，或是借助蜘蛛網在摩天大樓尖自由穿行。
戰斗貼近漫畫原著，制作小組表示，他們在聽取了玩家們對前作的一些批評意見之后，耗費了相當大的精力提高游戲性。游戲中的戰斗部分也不再像前作那樣只需按攻擊鍵就可以，利用跳躍鍵和攻擊鍵的結合，玩家可以展現出多種連續技巧。，方式也將更加中式于原著。
此外，制作小組還將重力學和空氣動力學的原理運用到游戲當中，從而幫助玩家更有效的進行高空間的跳躍，系統也將自動記錄蜘蛛俠布網跳躍的地點，而雙級連跳的使用將令玩家達到難以置信的高度。
