海洋自古就是人們難以涉足的領域，方向、天氣、疾病，太多的危險與困難阻隔了人類的探求欲。但隨著技術的不斷進步，海洋的距離也越來越短。但是科技并不能抵擋海上自然氣候的侵襲，以及人為的海盜事件。所以，航海家們為了更加安全的出航，大多會兩三結伴的組成艦隊，以獲得相對的安全。
艦隊在《大航海時代Online》是個重要的元素，首先玩家在航行種能獲得一中安全感，不必懼怕海盜的襲擊，遇到暴風雨的襲擊也能互相救助，更不必忍受漫長旅途中的單調與枯燥。
在《大航海時代Online》的游戲設定中，通過組隊，共同完成某個任務，或者進行商品購買、挖掘探索時，就會獲得相關技能的經驗加成。就使得游戲里組隊的效率要比單人快得多。
冒險家們通過組建艦隊，在東地中海循環的接領任務，可以十分迅速的增加學識與技能的等級。商人們則通過組隊，互相共享取引技能，在每一處停泊的港口都能獲得最大的利益。軍人更不必說了，從熱那亞開始，就不可避免的組建艦隊，去面對強大的敵人。