第二關：開羅，埃及(第一部分) (Cairo, Egypt 1)
開羅有座標志性的生態建筑(Arcology)，它有110層之高，機場和候機大廳就位于生態建筑的頂部。由電梯可通達107-108層，這里有學校、社團等單位，由此還可前往麥地那區域，那里分為溫房、清真寺和住宅區幾個地方。
降落后由機庫到走廊收到WTO方面Morgan的來電，她要你摧毀Leila Nassif叔叔的溫房。接著又收到教會方面Lin的來電，她要你到清真寺找Billie Adams接頭。經由候機大廳上一條斜坡的走廊找到電梯，往下來到107層找到QueeQueg咖啡館，之后到麥地那還可找到Pequod咖啡館，兩個老板會委托你完成同一樁任務，為他咖啡館尋找NG做代言人，完成任一方都可得到生物藥劑的報酬。在咖啡館的大廳角落找到舞動身肢的NG，談話接到搜集經紀人腐敗證據的任務。由108層的電梯往機場，找到NG經紀人后賄賂他為咖啡館安排NG做代言人，然后找咖啡館老板拿報酬，并把經紀人貪污的證據告訴給那名NG。
接下來前往麥地那區域，電梯在一條維護通道里，它就在咖啡店的右側。來到麥地那的南部，這里有兩條通道，右方前往溫房，左方前往清真寺和住宅區。沿左邊的街道前行找到咖啡館，找老板接到找NG的任務。往前到麥地那的北部，在清真寺前與Sheriff交談得到清真寺地圖，進到清真寺會被解除武裝，在大廳里找Billie和Saman交談，得知這里的人民遭受瘟疫的侵害，她要你去找Omar商人尋求解決之道。在Saman離開后跟著他到樓上辦公室，從柜子里拿到一些補給，接著由寺廟另一邊的通道往地下室探看被瘟疫感染的病人，在一個房間里遇到醫師和婦女Ameer以及她的女兒Mina，與Ameer談話得知Mina被感染，她希望能進到塔爾蘇斯學校以得到良好的治療，主角要進到學校的電腦接受Mina的入學申請。
離開清真寺往住宅區，在上層的走廊里找到Leo，交談后得到前往生態建筑調查教會內部間諜的事件。與盡頭的兩位Omar商人打聽瘟疫的治療方法，他要主角前往24號機庫去尋找有關的線索，并且得知在110層有人會幫助你打開24號機庫的大門。在住宅區還可找到一間牢房，與里面的Harvester談話得到前往上層的住宅區刺殺警衛隊長的任務。在住宅區可找到Nassif博士叔叔的住處，進去與老人談話得到兩個任務，一個是調查塔爾蘇斯，另一個前往學校尋找他失蹤的小女兒。在住宅區的頂部是武士的秘密據點，由風道潛進去從臥室可找到一間密室的通行密碼。
接下來去完成破壞溫房的任務，回到麥地那的南部，在前往溫房的路上會遇到阻路的匪徒，這時可選擇乖乖交錢過去，或者直接殺掉他們。來到溫房會有多種選擇來完成任務，一是破壞過濾器，二是破壞控制電腦程序，三是利用火焰噴射器直接燒毀種植的作物。在完成溫房任務后殺出胡同，由電梯返回到生態建筑。
在107層有個教會的征兵處，往右邊找到學校入口，在左側有風道可以鉆進去，在盡頭可偷聽到征兵處的兩人談話，得知他們將對住宅區的Omar商人執行抓捕計劃。來到學校與接待員對話，然后往左邊到學校走廊，繞到招待前臺的里面使用電腦接納Mina的入學申請。
到實驗室門外找警衛接任務，進入實驗室殺小怪物，然后由風道鉆進去在一間儲藏室找到失蹤的學生，其中包括Nassif叔叔的女兒Eev。這時要到校長的密室里調查校長與教會勾結的證據，密室有兩種進入的方法，一種是到校長室找Silas談話，地上的數據卡可得到密碼，觀察豎旗的后面有一道密碼鎖可開啟密室的通道。另一種方法是由儲藏室的風道潛入。進入密室后操作電腦解除監視器和槍塔行動狀態，閱讀桌上的數據卡拿到密碼，然后按Donna的提示前往108層的社團區域尋找受困的Leila Nassif教授。
到108層進入社團區域(Corporate Suites)，進去遇到美女槍手Klara Sparks，幫她解決掉房間里的警衛，往左邊轉入走廊在柱子后找到電腦，用它來解除激光防護和槍塔的運作，在左邊的會議室可找到警衛隊長Chief，他就是麥地那的Harvester委托要殺的人，如果在這里不殺他，Chief還會在最后的關卡出現，是敵是友還要看你以后的選擇。殺掉他的話可以找Harvester拿到生物藥劑，不殺的話可得到機庫的通行密碼。
在辦公室遇到大批的敵人，殺掉后穿出去到實驗室，這時會收到教會Lin的指令，她要你阻止Nassif博士的研究成果付諸實踐，在實驗室的柜子里可找到生物藥劑，然后到里面找Leila Nassif，可以按教會方面的要救殺掉她，也可以留她一命套問到很多的訊息，完成WTO方面的任務。Leila Nassif提議前往德國找宗教領袖Tracer Tong，他是唯一與JC Denton聯系密切的人。
返回到麥地那的北部找Leo和Omar商人，通知Leo教會方面的人會展開抓捕行動，然后前往清真寺找難民Ameer匯報她的小女兒Mina被接納入學的消息。稍后再返回去找Omar商人和Leo談話，他們為提供有用的情報付給400塊錢報酬。再前往Nassif的住所通知他女兒Eeva消息得到300塊報酬。
回到候機室找稅務稽查官透露教會人員從事軍火走私的消息，拿到200塊報酬。由電梯到107層找NG談話完成搜查任務得到300塊報酬。如果當初放警衛隊長一條生路的話，在進入維護通道時會收到一個通行密碼，到前面走廊操作電腦使里面的數據共享，完成教會方面的任務。
在完成開羅所有的支線之后，到107層的咖啡館找飛行員Sid或Ava前往德國。