《世紀三國》除了傳統RTS操控外，戰略應用與三國特色結合，也是本作的重點特色。結合三國時代大軍沖殺的戰略應用，超級將領的戰斗，軍師特殊技能使用，實時戰略的樂趣完全發揮。例如：武將可能決定戰局，培養武將成為戰場上的真英雄，然后就能用他來摧毀敵人的大量軍隊。再來像是游戲采用和《帝國時代》相同的操作方式，把玩家上手時間縮到最短，只要把游戲安裝進電腦，幾乎就能馬上開始玩了。
針對各種不同需要的玩家，制作小組設計了完整的各種游戲模式。因特網、局域網、單機游戲都有。因特網模式提供聯機大廳，玩家連上游戲大廳，就能和所有同好一起聊天討論戰術。這里會列出已經開啟的各場游戲，玩家可隨意選擇加入哪個游戲。當然也就自己開啟一個新游戲，招呼朋友進去玩。而類似MSN的聊天系統，也讓玩家們交流便捷不少。
為了表現三國時代的爾愚我詐，以計謀與戰術取勝的特色，制作小組在地形設計方面下了很多功夫，設計出真實的地表起伏。雖然游戲是2D的，但地貌的高低起伏卻是真實的。使用這個系統就能編輯出更多樣化的地貌。比起只有平地或假地形的游戲，《世紀三國》的地貌更豐富些，也給玩家提供了充分發揮戰略思考的空間。
每次玩家產生‘將軍’的時候，計算機就從五十名三國將軍中挑選一名生產出來。當然每個將領預設的能力不盡相同，生產出了玩家看不順眼的將軍也沒辦法換人了，只好將就著用。好在‘將軍’是可以成長的（軍師也是），通過經驗值的累計，等級上升能力也就提高了。玩家在面對剛產生出的軍師或將軍時，可以選擇培養他，或者也可以再產生另一名。這點就要靠玩家自己判斷了。因為這些特殊單位的等級設計，使得培養特殊單位成為戰術中重要的一環。玩家在消滅敵軍時，就得考慮是否要讓將軍或軍師也參加，來賺取一些經驗值。一個高等級的尋常武將，比低等級的武圣關羽還好用！