‘分裂細胞’實際上就是歐美國家反恐部隊中的一個專用名詞，在這些國家的反恐部隊中，他們把恐怖組織比喻成一個具有嚴密組織紀律的大腦，而要消滅這些恐怖組織，就必須從組織內部滲透，將大腦（恐怖組織）的腦細胞（成員）分裂開來，各個擊潰，才能完成徹底消滅恐怖組織和恐怖活動的目的。于是他們將這種反恐行為稱謂‘Splinter Cell’（分裂細胞）。
游戲《分裂細胞》所講述的故事內容如下：
一個叫蘇哈提.薩達諾的恐怖分子領導一個恐怖組織占據了美國駐東帝汶的大使館，槍殺并綁架了部分使館人員。游戲中的主角山姆.費舍爾奉命成功潛入大使館并營救了被綁架的人質。而在這過程中，費舍爾發現有一個針對美國的恐怖襲擊正在策劃和籌備中，于是他轉戰巴黎、耶路撒冷、印尼等地，最終干掉了組織頭目，清除了用于恐怖襲擊的生化炸彈，又一次拯救了世界。
此游戲的畫面與其前作一樣一如既往地出色，雖然處于同一游戲平臺（Xbox），但在細節方面的進步卻是顯而易見的。
在音效方面，雖然游戲支持5.1聲道輸出，可這種號稱‘能通過聲音辨別敵人方位’的高級音效在本作中幾乎是毫無用武之地。因為這畢竟是《分裂細胞》而不是《反恐精英》，如果山姆想學《反恐精英》里那些精英們對敵人發起強攻然后通過槍聲來辨別敵人的方位再用自己百步穿楊的槍法來消滅敵人，那就無疑是在送死。不過玩家如果為了想全身心地投入游戲意境中，配備一套好的音響還是很有價值的。
玩過這款游戲的玩家可能覺得游戲的PC版反而比XBOX版的操作要便捷，這個缺憾無疑是削弱了游戲的游戲性。不過在進入3D時代之后，這種情況就一直為眾多廠商所頭疼，從一開始的固定鏡頭到現在把鏡頭將給玩家控制，廠商和玩家都在共同探索更好的方法來解決此問題。
從游戲故事的角度來說，《湯姆.克蘭西分裂細胞：明日潘多拉》不失是一款出色的游戲，如果在此之前玩家讀過湯姆.克蘭西的同名小說，那現在就不妨配合小說來進入這個更加立體的湯姆.克蘭西分裂細胞的游戲世界，從而得到一種新的體驗。